Prévus dans le premier Plan national maladies rares 2005-2008, les protocoles nationaux de diagnostic et de soins (PNDS) visent à optimiser le diagnostic et la prise en charge des maladies rares par les professionnels de santé. À ce jour, il en existe 61, élaborés par des centres de référence et de compétence labellisés, avec l'appui de la Haute autorité de santé (HAS).